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1、深圳出入境检验检疫局曾是直属国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫机构，正厅级建制。

2、1999年8月，按照国务院及中编办有关口岸管理体制改革的精神，深圳检验检疫局由原深圳卫生检疫局、动植物检疫局和进出口商品检验局合并组建而成。

3、2018年，4月20日起，原深圳出入境检验检疫局统一以深圳海关名义对外开展工作，深圳口岸的各一线旅检、查验和窗口岗位统一上岗、统一着海关制服、统一佩戴关衔。

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