忍者这个称谓正式使用是在日本江户时代，但忍者的历史可以追溯到更加久远的年代。据说在日本首次派遣“忍者”完成任务的是圣德太子。在当时，忍者普遍被称为“忍”，同时各个时代各个地区对忍者也有其特有的称谓：如飞鸟时代称为“志能便奈良时代称为“斥候”，战国时代叫法很多，其中流传最广是“乱波”，由武田信玄命名，而江户时代使用的就是和今天一样的“忍者”。